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▲NGS高通量測(cè)序基本流程
Basicprocess for high-throughput sequencing NGS
對(duì)長(zhǎng)鏈DNA（通常指生物染色體DNA）片段化的主要原因是短鏈DNA片段有利于進(jìn)行DNA分子快速雜交和高靈敏目標(biāo)檢測(cè)，可顯著提升測(cè)序效率。目前，常用的染色體脫氧核糖核酸（Deoxyribonucleic acid， DNA）分子片段化方法主要有四種，分別為：DNA限制性酶切法、水動(dòng)力剪切法、超聲波斷裂法、噴射霧化法，四種方法各有利弊。
▲DNA分子結(jié)構(gòu)形態(tài)
Molecularstructure and morphology of DNA
超聲打斷基于水動(dòng)力剪切法和超聲波斷裂法，是最常見(jiàn)的DNA片段化方式。其原理為：液體在高頻率的脈沖作用下，產(chǎn)生無(wú)數(shù)的高壓點(diǎn)和低壓點(diǎn)，伴隨產(chǎn)生的空化泡存在幾毫秒又因壓力變化而爆破，在這個(gè)過(guò)程中液體內(nèi)形成瞬時(shí)高強(qiáng)度剪切力，這種作用力可以破碎細(xì)胞、影響蛋白質(zhì)和剪切DNA。在此特別推薦新芝生物的一款特色產(chǎn)品：SCIENTZ18-A超聲波DNA打斷儀，采用非接觸式的工作方式，單次最高處理量可達(dá)12個(gè)樣品，是染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）和DNA剪切研究平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)化工具。
超聲波DNA打斷儀是將DNA暴露于均勻的超聲體系中進(jìn)行無(wú)偏剪切，從而產(chǎn)生的大量均勻大小的雙鏈DNA，具有以下優(yōu)勢(shì)：
樣品零污染：非接觸式封閉破碎，降低污染風(fēng)險(xiǎn)
處理效率高：單次可處理12個(gè)樣品，處理速度快
無(wú)差別打斷：DNA片段集中無(wú)偏好
等溫處理：配備冷水機(jī)，恒溫打斷防止ChIP實(shí)驗(yàn)中蛋白質(zhì)變性
使用高速分散器（例如XHF-DY）或研磨器（例如SCIENTZ-12或DY89-II）將生物樣品于冰浴條件（例如XB-70）下進(jìn)行處理以獲得均質(zhì)溶液；
對(duì)獲得的均質(zhì)溶液，一般使用超聲細(xì)胞破碎機(jī)（例如為SCIENTZ-IID）或高壓細(xì)胞破碎機(jī)（例如JG-IA）進(jìn)行處理，特殊樣品可配置冰浴環(huán)境，以獲得含有細(xì)胞內(nèi)容物的溶液；
對(duì)細(xì)胞破碎后的溶液進(jìn)行冷凍離心（例如HSC-2015L），取上清液備用；
4.1將破碎后溶液放置于0.2 mL或0.5 mL EP管，于適配器中旋緊螺母進(jìn)行固定；
4.2將適配器置于水浴環(huán)境中，開(kāi)啟配套冷水機(jī)，設(shè)置溫度為6℃；
4.3待溫度降至設(shè)定溫度時(shí)，設(shè)定DNA打斷參數(shù)（如超聲開(kāi)20 s，超聲關(guān)25 s，功率300 W，超聲總時(shí)間30 min），啟動(dòng)打斷程序；
4.4完成打斷后，取下DNA樣品低溫保存防止降解，用于進(jìn)一步研究。
▲大腸桿菌DNA打斷效果
▲DNA濃度為50ng/uL的打斷效果
SCIENTZ18-A超聲波DNA打斷儀采用恒溫、非接觸的方式對(duì)樣品進(jìn)行打斷、勻漿和混合，具有無(wú)菌操作、無(wú)損作業(yè)、微量打斷的特點(diǎn)，同時(shí)處理多個(gè)樣品可完美適配二代測(cè)序，適用于多類(lèi)生物樣品，是ChIP和DNA剪切研究平臺(tái)的重要工具。
企業(yè)抖音號(hào)
企業(yè)公眾號(hào)新芝生物專(zhuān)業(yè)研發(fā)生產(chǎn)超聲波細(xì)胞粉碎機(jī)、超聲波清洗機(jī)和超聲波細(xì)胞破碎儀等各種科研實(shí)驗(yàn)儀器與工業(yè)化生產(chǎn)設(shè)備
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